Program Studi Doktor (S3) Pendidikan Agama Islam (PAI) adalah Program Doktor PAI pertama yang terintegrasi ke Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Kalijaga dan pertama di lingkungan PTKI Indonesia. Penyelenggaraan Prodi Doktor PAI didasarkan pada Dirjen Pendis No. 5463 Tahun 2017.

Pada tahun 2024, Program Studi Doktor PAI telah terakreditasi Unggul dari Lembaga Akreditasi Kependidikan Mandiri (LAMDIK) berdasarkan keputusan LAMDIK No. 2113/SK/LAMDIK/Ak/D/XII/2024 dengan nilai 383. Masa berlaku akreditasi ini pada tanggal 31 Desember 2024 sampai dengan tanggal 30 Desember 2029.

Pada tahun 2025 ini, Program Studi Doktor PAI FITK UIN Sunan Kalijaga menjadi salah satu Program Doktor yang diberikan kuota beasiswa prestius kolaborasi dari LPDP dan Kementerian Agama, yaitu Beasiswa Indonesia Bangkit (BIB). Link: https://beasiswa.kemenag.go.id/program-gelar-degree/

Silahkan bagi masyarakat yang ingin kuliah di Program Doktor PAI yang sudah terakreditasi Unggul dan menyediakan beasiswa prestius Beasiswa Indonesia Bangkit (BIB),agar segera daftar di Program Studi Doktor PAI Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.