1. Ujian Komprehensif/Kualifikasi

Ujian kualifikasi pada Program S-3 PAI disebut juga dengan Ujian Komprehensif yang wajib diikuti oleh semua mahasiswa Prodi S-3 PAI setelah menempuh semua mata kuliah. Ujian Komprehensif diselenggarakan dalam bentuk penyusunan makalah komprehensif dan diujikan di dewan penguji. Ketentuan penulisan makalah komprehensif adalah sebagai berikut:

1. Ujian Komprehensif wajib diikuti oleh semua mahasiswa Program Doktor (S3) setelah menempuh semua mata kuliah.
2. Makalah komprehensif berupa satu artikel ilmiah berisi antara 8000-12000 kata yang bisa diterbitkan dalam jurnal bereputasi dan mencerminkan penguasaan terhadap isi dan perkembangan keilmuan terkait topik penelitian dalam rentang waktu 15 tahun terakhir dengan teori teori yang relevan.
3. Referensi yang dipergunakan untuk menulis makalah komprehensif berupa:
   1. Buku, artikel dalam buku, artikel jurnal, skripsi, tesis, disertasi dan laporan penelitian.
   2. Minimum 30% referensi adalah artikel jurnal akademik nasional dan internasional yang terupdate 10 tahun terakhir. 
   3. Minimum 30% keseluruhan referensi berbahasa asing.
4. Makalah komprehensif untuk mahasiswa kelas internasional ditulis dengan menggunakan bahasa Inggris atau Arab.
5. Makalah Ujian komprehensif digandakan sebanyak 5 (lima) eksemplar ke Program Doktor untuk didaftarkan dalam sidang ujian komprehensif
6. Ujian Komprehensif dilaksanakan oleh tim penguji yang terdiri atas: satu orang Ketua, satu orang Sekretaris, dua orang Penguji/Pembaca naskah.
7. Hasil ujian bagi mahasiswa yang telah mengikuti ujian komprehensif dinyatakan sebagai berikut:
   1. Lulus dengan Pujian (with distinction) jika makalah sangat bagus, dan jawaban serta penguasaan materi sangat baik tanpa perlu ada perbaikan
   2. Lulus dengan perbaikan kecil (minor), jika makalah bagus serta jawaban serta penguasaan materi baik, tetapi ada perbaikan kecil
   3. Lulus dengan perbaikan sedang, jika makalah bagus dan jawaban serta penguasaan materi baik, tapi ada perbaikan sedang
   4. Lulus dengan perbaikan besar (major), jika makalah buruk dam jawaban serta pnguasaan materi buruk.
   5. Tidak lulus, jika makalah tidak layak, dan jawaban serta penguasaan materi sangat buruk, dan dipandang tidak layak.
8. Mahasiswa yang dinyatakan tidak lulus ujian komprehensif harus mengulang ujian komprehensif dan diberi kesempatan mengulang ujian sampai 2 kali, dan membayar biaya ujian
9. Mahasiswa yang dinyatakan tidak lulus dalam 3 kali ujian dinyatakan tidak layak melanjutkan Program Doktor (S3) dan dinyatakan gugur, serta kepadanya diberikan sertifikat telah mengambil mata kuliah Program S3.