UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta termasuk perguruan tinggi tujuan penerima beasiswa Lembaga Pengelola Dana Pendidikan (LPDP) untuk program magister dan doktor.
1. Lembaga Pengelola Dana Pendidikan
2. Beasiswa 5000 Doktor Dalam Negeri
3. Lembaga pemerintah dan swasta yang selama ini memberikan beasiswa kepada para mahasiswa berprestasi UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta antara lain adalah:
- Beasiswa Bidikmisi
- Beasiswa DIKPORA
- Beasiswa Bank Indonesia
- Beasiswa Laziz PLN
- Beasiswa Prodi keagamaan
- Beasiswa Tahfidz Qur’an
- Bank Negara Indonesia
- Beasiswa prestasi dan akademik
- Beasiswa Bank Pembangunan Daerah
- Beasiswa PT. Djarum
- Beasiswa Bank Syariah Mandiri