Sejarah Berdirinya Program Doktor PAI FITK UIN Sunan Kalijaga
Seiring dengan pengembangan kelembagaan dan akademik di UIN Sunan Kalijaga pada tahun akademik 2015/2016 dilakukan integrasi beberapa prodi S2 yang linear dengan prodi jenjang S1 di fakultas. Integrasi beberapa prodi di Program Pascasarjana ke fakultas tertuang dalam Surat Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor 49 Tahun 2015 tentang Integrasi Program Studi Pascasarjana ke Fakultas di Lingkungan Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta yang merupakan keputusan visioner dalam membangun dan mengembangkan keilmuan. Dari 6 (enam) prodi, Pendidikan Islam adalah prodi dengan jumlah mahasiswa dan lulusan/alumni terbanyak. Prodi ini memiliki 5 (lima) konsentrasi, yaitu: Pendidikan Agama Islam (PAI), Pemikiran Pendidikan Islam (PPI), Manajemen dan Kebijakan Pendidikan Islam (MKPI), Pendidikan Bahasa Arab (PBA), dan Bimbingan Konseling Islam (BKI). Dalam proses integrasi, semua konsentrasi tersebut selain BKI dipindahkan penyelenggaraannya ke Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan.
Kini setelah integrasi ke fakultas berjalan selama tiga tahun akademik, sesuai dengan tuntutan linearitas keilmuan dengan prodi jenjang S1 dan animo mahasiswa sangat yang tinggi, Prodi Pendidikan Islam berencana melakukan pengembangan akademik-kelembagaan dengan menaikkan status konsentrasinya menjadi prodi yang otonom. Pada Tahun 2016 dan 2017, tiga konsentrasi yang ada pada Program Studi Pendidikan Islam telah berubah menjadi Program Studi yaitu Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI), Program Studi Pendidikan Bahasa Arab (PBA) dan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI).
Upaya pengembangan kelembagaan dan akademik di lingkungan Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan terus dilakukan. Di antaranya adalah dengan menyelenggarakan program pendidikan jenjang doktor (S3) untuk Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI). Penyelenggaraan Program Doktor (S3) Pendidikan Agama Islam (PAI) di Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK) Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta dapat menjadi program lanjutan dan unggulan bagi para lulusan S2 dari berbagai perguruan tinggi agama Islam sebagaimana program S1 dan S2 yang memiliki animo paling banyak di antara prodi-prodi yang lain di UIN Sunan Kalijaga. Pertimbangan mendasar dilaksanakankanya program doktor Pendidikan Agama Islam secara terintegrasi dengan program strata satu dan strata dua di fakultas adalah untuk menjaga konsistensi linieritas keilmuan antara jenjang strata satu dan strata dua. Penyelenggaraan Program Doktor PAI yang terintegrasi ke fakultas di Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Kalijaga merupakan yang pertama di Indonesia di lingkungan PTKI dan penyelenggeraannya didasarkan pada Surat Keputusan Dirjen Pendis Nomor 5463 Tahun 2017.