Penentukan mutu sebuah program studi dan perguruan tinggi didasarkan kriteria yang mengacu pada Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SNPT) yang penilaiannya antara lain dilakukan melalui sebuah mekanisme akreditasi program studi. Kegiatan akreditasi pada lembaga pendidikan tinggi ini mencakup semua jenjang pendidikan, mulai dari jenjang sarjana hingga jenjang doktor. Program Studi Doktor PAI, Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK) UIN Sunan Kalijaga mempersiapkan proses akreditasi ini selama hampir dua tahun terhitung sejak program studi ini mengirimkan dokumen Borang Akreditasinya pada Sapto Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Tinggi (BANPT).

Sesuai dengan aturan yang berlaku, proses akreditasi pada Program Studi S3 PAI ini dilakukan melalui tahapan-tahapan. Tahapan dimulai dari penyusunan dokumen akreditasi, upload dokumen di Sapto BAN-PT hingga akhirnya dilaksanakan asesmen lapangan (AL). Program studi S3 PAI mengajukan (upload) Borang Akreditasinya pada bulan Maret 2019 melalui Sapto BAN-PT. Menunggu sampai akhir tahun 2019 tidak ada kegiatan AL. Kemudian awal tahun 2020 ada edaran di BAN-PT untuk revisi dokumen borang dengan menambahkan data satu tahun (tahun 2019). Selesai revisi, borang diunggah Kembali melalui Sapto BAN-PT pada bulan Perbuari 2020. Baru saja pengunggahn borang dilakukan, ada surat edaran dari BAN-PT untuk Menyusun instrument Suplemen Konversi (ISK) Borang Akreditasi. Akhirnya TIM akreditasi Prodi S3 PAI Menyusun ISK dimaksud dan diunggah ke Sapto BAN-PT pada bulan Mei 2020.

Pada bulan Oktober 2020 ada informasi borang akareditasi Prodi S3 PAI sudah dinilai oleh Tim asesor akreditasi (Asesmen Kecukupan), hingga pada puncaknya, program studi ini menjalani Asesmen Lapangan pada 23-24 Nopember 2020. Asesmen Lapangan merupakan penilaian yang dilakukan oleh tim asesor secara langsung dengan melakukan kunjungan pada lembaga yang diakreditasi. Biasanya, tim asesor mendatangi lembaga untuk melakukan pengecekan semua data pendukung sebagaimana yang disampaikan di dalam borang yang mencakup dokumen dan bukti fisik lainnya seperti sarana dan prasarana. Kegiatan ini dilakukan sesuai dengan ketentuan instrumen dalam akreditasi. Akan tetapi, situasi pandemi Covid-19 telah menyebabkan perubahan dalam pelaksanaan Asesmen Lapangan ini. Dalam upaya pencegahan penyebaran virus corona, pelaksanaan kegiatan secara daring pun dilakukan. Dengan demikian, para asesor tidak melakukan kunjungan secara fisik ke Program Studi Doktor PAI, namun dilakukan secara daring dengan menggunakan perangkat zoom cloud meeting.

Kegiatan yang dibuka secara virtual oleh Rektor UIN Sunan Kalijaga, Prof. Dr. Phil. Al Makin, MA, ini dipusatkan secara operasional dan administratif di Gedung Pertamuan FITK lantai 1, Kampus Sapen, UIN Sunan Kalijaga. Hanya mereka yang terlibat secara langsung dan berkepentingan yang dapat hadir dan ikut serta dalam gedung pertemuan ini. Mereka ini di antaranya adalah Dekan FITK dan para wakil dekan, Kepala Program Studi dan Sekretaris Program Studi, Tim Borang, beberapa asesor internal fakultas, beberapa wakil dosen, dan beberapa wakil mahasiswa. Sebagian peserta mengikuti kegiatan ini melalui link pada zoom cloud meeting yang disediakan oleh BANPT.

Tim asesor terdiri dari dua orang, yaitu: Dr. Muhammad Samsul Hady dari UIN Maulana Malik Ibrahim Malang dan Prof. Dr. Syamsun Niam dari IAIN Tulungagung. Dalam kegiatan Asesmen Lapangan ini tim asesor secara garis besar melakukan konfirmasi terhadap tujuh standar akreditasi pada Ketua Program Studi Doktor PAI, Dr. H. Sukiman, M.Pd. untuk Borang Akreditasi Program Studi, dan Dekan FITK, Dr. Hj. Sri Sumarni, M.Pd., untuk Borang Akreditasi fakultas. Dalam proses konfirmasi ini, para wakil dekan, beberapa dosen dan mahasiswa, dan beberapa asesor internal fakultas ikut pula memberikan tanggapan dan jawaban atas pertanyaan-pertanyaan yang diajukan para asesor.

Kegiatan yang ditutup oleh Wakil Rektor I UIN Sunan Kalijaga, Prof. Dr. Iswandi Syahputra, M.Si., ini menghasilkan beberapa rekomendasi dari para asesor. Intinya, dari tujuh standar yang diases, ada beberapa aspek yang sudah sangat baik dalam masing-masing standar sehingga perlu dipertahankan, namun ada pula beberapa aspek yang dianggap masih kurang sehingga harus diperbaiki.